Il LOGO della Cristomorfosis sviluppa il tema della vocazione cristiana alla trasformazione in Cristo secondo il comando di Rm 12,2: «Non conformatevi alla mentalità di questo secolo, ma trasformatevi rinnovando la vostra mente, per poter discernere la volontà di Dio, ciò che è buono, a Lui gradito e perfetto».
Fin dall'inizio dello studio la croce si è imposta come l'elemento fondamentale che identificasse il Cristo quale meta, modello e via per la trasformazione del cristiano.

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II LOGO rappresenta, infatti, un'evoluzione formale delle traiettorie classiche del simbolo cristiano fondamentale: la Croce. Dopo una serie di disegni di studio, lo stemma risulta essere caratterizzato da quattro elementi principali:

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1. Quattro frecce, che rappresentano i quattro Vangeli, che, insieme, ci presentano il Cristus totus, e nella loro diversità convergono tutti alla medesima ed Unica Icona di Dio: Gesù.

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2. Le quattro frecce convergono in direzione di un cuore semplificato in secondo piano, rappresentante del Sacro Cuore di Gesù e della divina Misericordia che ha compassione delle folle quali pecore senza pastore (Mt 9,36).

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3. Con un gioco di pieni-vuoti i lati delle frecce disegnano la Croce in prospettiva, le cui braccia tendono ad estendersi all'infinito, quasi in un abbraccio senza limiti di tutta l'umanità.

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4. I gambi delle frecce ricordano una "X", iniziale della Xtomorfosis. Essa è la Chi, una lettera dell'alfabeto greco (Χ) con la quale inizia il nome Christo, che nella simbologia antica appare sempre accompagnata con una seconda lettera, la Sigma (in greco: σ), o sovrapposta dalla Rho (in greco: Ρ). Essa è quindi figura e, nel nostro caso, abbreviazione di Cristo, nonché antico simbolo di equilibrio.